Apache permite una administración descentralizada de la configuración, a través de ficheros colocados dentro del árbol de páginas web. Los ficheros especiales se llaman normalmente .htaccess, pero se puede especificar cualquier otro nombre en la directiva AccessFileName. Las directivas que se pongan dentro de los ficheros .htaccess se aplicarán únicamente al directorio donde esté el fichero, y a todos sus subdirectorios. Los ficheros .htaccess siguen las mismas reglas de sintaxis que los ficheros principales de configuración. Como los ficheros .htaccess se leen cada vez que hay una petición de páginas, los cambios en estos ficheros comienzan a actuar inmediatamente.
Para ver qué directivas se pueden poner en los ficheros .htaccess, consulte el contexto de cada directiva. El administrador del servidor pueden controlar aún más qué directivas son permitidas en los ficheros .htaccess, configurando la directiva AllowOverride en los ficheros principales de configuración.